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1、微电子工业
微电子工业是当前对洁净室要求高的行业。大规模和超大规模集成电路（LSI、VLS1）的发展，对微尘控制要求越来越高。集成电路制造工艺中，集成度越大，图形尺寸（以线宽为代表）越细，对洁净室控制粒径的尺寸也要求越小（通常为线宽的1/10），且含尘量也要求越低。此外，现代工业中的液晶、光纤等的生产，同样有洁净度的要求。百级无尘车间
2、医疗工业
药品生产
我国的《药品生产管理规范》（又称GMP）已在全国范围内实施，对相应工艺过程及生产环境提出了不同洁净级别的要求。对于原料药制备、粉剂、针剂、片剂、大输液的生产、灌装等工艺，均已制定了洁净区和控制区的洁净标准。除了限定空气中尘埃粒子的大小和含量外，对生物粒子（细菌数）也有明确的限制。
医院
白血病的治疗室、烧伤病房、外科手术室，也需要根据具体条件采用空气洁净工程，以防止空气中细菌感染，对治疗环境起到控制作用。
3、食品工业
食品工业中使用洁净技术较有代表性的是无菌装罐。食品的无菌包装（如软包装鲜果汁、牛乳等），在保持食品色、香、味、营养等方面大大优于高温杀菌的罐装食品。所谓无菌包装，就是在洁净环境中完成包装工艺。除无菌罐装外，空气洁净工程在食品的酿造、发酵中对纯种的培养、分离、接种、扩种以防止菌体等污染及提高产品质量也有重要作用。
4、生物安全
在遗传工程、药品及病理检验、生物分子学、国防科研等方面常常需要在无菌无尘的环境中进行操作，一方面要要求试件不受其他微生物污染，另一方面又要求所研究的材料，如肿瘤病毒、高危险度病原菌、放射性物质等不致外溢，危害操作者的健康及污染环境。对于这类实验操作，一般要求两级隔离，1级常用生物安全工作柜使工作人员与病原体等危险试件隔离；2级是将实验工作区与其他环境隔离。这类实验室与一般洁净室不同，其处于负压状态。
5、实验动物饲养
为了保证医药品、食品长期试验的安全性，以及病理等方面研究结果的可靠性，要求实验动物在洁净环境中饲育。从控制微生物的角度出发，可将医学及生物学等实验所用的实验动物饲育环境分为三类：隔离系统、半隔离系统和开放系统。前两类系统所饲养动物要求无菌（包括细菌、病毒寄生虫等），或者仅允许带有已知的几种微生物，或者不允许带有某些特定的致病菌等。
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